بخش مهندسي آب دانشكده كشاورزي با همت زنده یاد دکتر بزرگ بحرانی در سال 1342 تاسیس گردید و در آن زمان با همكاري بخش خاكشناسي دانشجويان اين بخش با عنوان " آب وخاك" فارغ التحصيل مي شدند. بخش آبياري در آغاز، فعاليت خود را در محلی كوچك استيجاري واقع در خیابان نادر شیراز كه فاقد هرگونه آزمايشگاه، وسايل و تجهيزات بود تنها با يك استاد و يك مربي شروع نمود و در سال‌‌هاي بعد با استخدام اساتيد جديد، كادر آموزشي بخش به چهار نفر افزايش يافت. درسال 1349 فعاليت جديد اين بخش براي پذيرش دانشجو در دوره فوق ليسانس آغاز گرديد و از سال 1375 اقدام به پذیرش دانشجو در مقطع دکتری نمود. اكنون اين بخش با نام "بخش مهندسي آب "‌با تعداد 15 نفر اعضای هيات علمی  و 10 نفر کارمند با توسعه آزمايشگاه‌هاي متعدد و امكانات وسيع به عنوان يكي از بخش‌هاي مطرح در كشور ايران مشغول به فعاليت مي باشد. بخش مهندسی آب در مقطع کارشناسی مهندسی آب و در مقطع کارشناسی ارشد در سه گرایش آبیاری و زهکشی، سازه های آبی و هواشناسی کشاورزی ودر مقطع دکتری در گرایش علوم ومهندسی آب دانشجو می پذیرد.تعداد فارغ التحصیلان مقطع کارشناسی 1088نفر،مقطع کارشناسی ارشد گرایش آبیاری زهکشی 322 نفر،گرایش سازه های آبی 82 نفر،گرایش هواشناسی کشاورزی 45 نفر و مقطع دکتری 27 نفر می باشند.گشایش مقطع دکتری تخصصی در زمینه هواشناسی کشاورزی در سال 1398 با پذیرش 2 دانشجو