نظر به اهميت حفظ نباتات درکشور و خسارت فراواني که آفات و عوامل بيماريزاي گياهي به محصولات کشاورزي وارد مي سازند، يکسال پس از ايجاد دانشکدهي کشاورزي دانشگاه شيراز (1335) آزمايشگاهي به نام آزمايشگاه دفع آفات ایجاد شد و در سال 1344 نام آزمایشگاه به بخش حفاظت گياهان تغيير پيدا کرد. در سال 1363 نام بخش از حفاظت گياهان به گياهپزشکي تغيير يافت. ساختمان فعلي بخش گياهپزشکي داراي آزمايشگاههاي مختلف حشره شناسي، بيماريهاي گياهي، بيماريهاي خاکزاد، باکتري شناسي گياهي، نماتودشناسي و بيولوژي مولكولي همچنين دو سالن ميکروسکوپي جمعاً به گنجايش 37 نفر دانشجو، کارگاهِ تکنولوژی مبارزهی شیمیایی، سردخانه، اتاق پرورش حشرات، گلخانه هاي شيشه اي، اتاق کشت و اتاق رشد مي باشد.
از جمله امكانات بخش گياهپزشكي وجود مرکز تحقیقات ويروس شناسي گياهي در كنار آن مي باشد. اين مركز كه به عنوان قطب علمي ويروس شناسي در كشور شناخته شده است داراي آزمايشگاههاي متعدد و كادر علمي و فني لازم براي تحقيقات بنيادي و كاربردي در زمينه ي ويروسهاي گياهي و فيتوپلاسماها است. بخش گیاهپزشکی همچنین به وسائل مختلف تحقيقاتي در گرايشهاي مختلف حشره شناسي کشاورزي(حشره شناسي و کنه هاي نباتي)، نماتودهاي گياهي، قارچ شناسي و باکتري شناسي گياهي و ویروس شناسی گیاهی مجهز بوده، اعضاء هیأت علمی و دانشجويان تحصیلات تکمیلی قادر به انجام فعالیتهای پژوهشی در اين رشته ها هستند.
در حال حاضر فعاليتهاي آموزشي بخش شامل تربيت متخصصين گياهپزشکي در سطح کارشناسي، متخصصين حشره شناسي و بيماريهايگياهي در سطح کارشناسي ارشد و متخصصین بیماریهای گیاهی ( قارچشناسی، ویروسشناسی، باکتریشناسی و نماتودشناسی) در سطح دکتری است.
بخش گياهپزشکي اولين دوره ي دانشجويان کارشناسي خود را در سال 1335 و اولين دورهي دانشجويان کارشناسي ارشد را در سال 1348 پذيرفت و از تاريخهاي مذکور تاکنون همه ساله به پذيرش دانشجو در دو مقطع پرداخته است. علاوه بر آن پذیرش دانشجوی دکتری از سال 1376 شروع شده و تا کنون سه دوره دانشجو پذیرفته شده اند. تربيت بيش از 700 نفر فارغ التحصيل در مقطع کارشناسي و بيش از 100 نفر فارغ التحصيل در مقطع کارشناسي ارشد و شش نفر در سطح دکتري بيماري شناسي گياهي از فعاليتهاي درخشان آموزشي اين بخش محسوب مي شود.
فرهنگستان علوم جمهوري اسلامي ايران در موارد زير بخش گياهپزشکي دانشگاه شيراز را نسبت به ساير دانشگاه هاي داراي اين رشته در سطح کشور حائز رتبه ي اول دانسته است: تعداد کتابها و مجلات، تعداد انتشارات به ازاي هر فرد عضو هيأت علمي، تعداد انتشارات به ازاي هر سال خدمت اعضاي هيأت علمي و مجموع امکانات آموزشي و پژوهشي.
در سالهاي اخير در يک طرح مشترک دانشگاه شيراز با وزارت کشاورزي، مرکز تحقيقات ويروس شناسي گیاهی در دانشکده کشاورزي تأسيس شده است. ساختمان و تأسيسات اين مرکز تکميل شده و با جدیدترین وسايل مورد نياز براي فعالیتهای پژوهشي ويروس شناسي گياهي، فيتوپلاسماشناسي، بيوتکنولوژي گياهي و زيست شناسي مولکولي تجهيز شده است. با همکاري اعضاء هيأت علمي بخش گياهپزشکي و پژوهشگران مرکز تحقيقات وزارت کشاورزي، فعاليتهاي پژوهشي در اين مرکز از سال 1377 آغاز شده است. در حال حاضر اين مرکز تحقيقاتي در نوع خود در سطح کشور، منحصر به فرد مي باشد.
اعضاي هيأت علمي بخش گياهپزشكي همچنين در تأسيس و راه اندازي مركز بيوتكنولوژي كشاورزي دانشكده ي كشاورزي دانشگاه شيراز در سال 1385 همكاري فعال داشته اند.