بخش گیاهپزشکی دارای آزمایشگاه های پژوهشی به شرح زیر می باشد:
- آزمایشگاه بیماریهای شناسی عمومی
- آزمایشگاه قارچ شناسی
- آزمایشگاه نماتد شناسی
- آزمایشگاه بیماری های خاکزاد
- آزمایشگاه باکتری شناسی
- آزمایشگاه مولکولی
- آزمایشگاه اکولوژی حشرات
- آزمایشگاه کنه شناسی
- آزمایشگاه سیستماتیک حشرات