بخش مهندسی بیوسیستم دانشگاه شیراز با سابقه بیش از نیم ­قرن در آموزش و پژوهش و به عنوان دومین بخش تأسیس شده کشور در رشته ماشین­‌های کشاورزی، فعالیت خود را با هدف تربیت نیروی انسانی متخصص برای پاسخ­گویی به نیازهای فنی و مهندسی بخش کشاورزی استان و کشور از سال 1342 آغاز نموده است. این بخش تا قبل از سال تحصیلی 72-1371 فقط سه دانشجو در مقطع کارشناسی ارشد داشته است ولی از آن تاریخ هر ساله در دوره کارشناسی ارشد تعدادی دانشجو پذیرفته است. به دنبال فعالیت­ های پژوهشی متنوع در موضوع­‌های مختلف در دوره کارشناسی ارشد، زمینه راه‌اندازی دوره دکترای تخصصی در سال 1388 فراهم و اولین گروه در همان سال پذیرفته شد. همچنین در همان سال با توجه به نیاز استان به متخصصین رشته­ مکانیزاسیون کشاورزی، دوره کارشناسی این رشته نیز راه­‌اندازی گردید. با توجه به نیاز  بازنگری محتوايی دروس و رشته مکانیک ماشین‌های کشاورزی و مکانیزاسیون کشاورزی احساس شد با همکاری دانشگاه­‌های مجری رشته در داخل کشور و انجمن مهندسی ماشین‌های کشاورزی و مکانیزاسیون ایران پیشنهاد تغییر عنوان و محتوای این رشته­ ها در اسفند ماه 1391 به تصویب شورای عالی برنامه‌­ریزی آموزشی کشور رسید و از مهرماه سال 1392 رشته­‌های مهندسی کشاورزی- مکانیک ماشین‌های کشاورزی و مهندسی کشاورزی- مکانیزاسیون کشاورزی حذف و رشته­‌های مهندسی مکانیک بیوسیستم در سه گرایش و مهندسی مکانیزاسیون کشاورزی نیز در سه گرایش در سه مقطع کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری به ترتیب جایگزین رشته‌های قبلی شدند.

این بخش از دانشگاه شيراز تاکنون بیش از 1000 نفر در دوره کارشناسی و نزدیک به سیصد نفر در دوره­ های تحصیلات تکمیلی دانش آموخته داشته است و هم­ اکنون این بخش در گرایش طراحی ماشین­‌های کشاورزی در هر سه مقطع و در گرایش فناوری پس از برداشت در دو مقطع کارشناسی ارشد و دکتری دانشجو می­‌پذیرد و با پردیس بین­ الملل دانشگاه نیز همکاری می‌‌نماید.