فعالیت‌­های علمی بخش مهندسی بیوسیستم به دو دسته اصلی تقسیم می­‌شوند:

طراحی و ساخت ماشین­‌های کشاورزی: در این زمینه فعالیت­‌هایی هم چون به­ کارگیری فناوری سنجش از دور، خاک­ورزی حفاظتی، طراحی و ساخت ابزار و ماشین­‌های کشاورزی، تکنیک‌های ماشین بینایی و شبکه عصبی مصنوعی، رباتیک در کشاورزی، بهینه­ سازی موتورهای احتراقی و ماشین­‌های کشاورزی، روش‌های کاهش مصرف سوخت و بهبود عملکرد فعالیت‌های مزرعه، مطالعه رفتار ماشین و خاک، ارگونومی ابزار و ماشین­‌های کشاورزی، مطالعه­ متالورژی تجهیزات کشاورزی انجام می‌­شوند.

فناوری پس از برداشت: در این زمینه فعالیت‌هایی هم چون طراحی و ساخت دستگاه‌های فرآوری مواد غذایی، بهینه­ سازی واحدهای فرآوری و شیلات، مطالعه خواص فیزیکی و مکانیکی و رئولوژیک مواد کشاورزی، کاربردهای انرژی خورشیدی در کشاورزی، خشک‌­کن­‌های صنعتی و کشاورزی و شبیه سازی عددی فرآیندهای فرآوری، قرار دارند.